Disposto a interferir nos rumos políticos do país, em 1893 Rui Barbosa adquire o Jornal do Brasil e inicia nova fase jornalística. Seu objetivo era defender a Constituição e conscientizar o povo sobre seus direitos, fazendo do jornal "um instrumento de doutrina e organização, de estudo e resistência, de transação política e intransigência legal; porque contra a lei toda transação é cumplicidade. " Em suas páginas, desenvolve-se intensa campanha em prol das vítimas da "ditadura florianista".

A oposição ao governo Floriano continuava. Em 1893 é deflagrada no Rio Grande do Sul uma guerra civil. Os federalistas - adeptos do sistema parlamentarista - levantam-se contra Júlio de Castilhos, governador autoritário e centralizador, apoiado por Floriano. O Almirante Eduardo Wandenkolk, companheiro de Rui Barbosa no Governo Provisório e um dos deportados para o Alto Amazonas, escapa do desterro e vai para Buenos Aires, onde se apossa do navio mercante "Júpiter". Com munição obtida junto aos rebeldes federalistas, parte para atacar o Rio Grande do Sul, mas é aprisionado pelas forças governamentais. Novamente Rui Barbosa entra no Supremo Tribunal Federal com pedido de habeas-corpus, agora para os prisioneiros do "Júpiter", concedido aos tripulantes civis do navio, porém negado a Wandenkolk e a dois outros militares. Leia sobre a Revolta Federalista.

Em setembro de 1893 eclode a Revolta da Armada. Liderados pelo Almirante Custódio de Melo, navios tomam a Baía de Guanabara e apontam seus canhões para a Capital Federal. Considerado pelo governo mentor intelectual do levante, Rui Barbosa procura abrigo na Legação do Chile. Em 13 daquele mês as forças de Custódio de Melo abrem fogo contra a cidade do Rio de Janeiro. Ameaçado de prisão, Rui Barbosa parte para Buenos Aires. Em 1º de outubro, o Jornal do Brasil - do qual Rui Barbosa era redator-chefe - é fechado por ordem de Floriano Peixoto. Só voltaria a circular um ano depois.

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