Tendo assumido transitoriamente, Floriano Peixoto deveria convocar eleições diretas logo após a renúncia de Deodoro. Mas, contrariando dispositivo constitucional, ele se recusa a abrir mão do poder. Em 21 de março de 1892, oficiais do Exército e Marinha lançam manifesto questionando a legitimidade da sua permanência como presidente. Pouco depois, 46 oposicionistas declaram-se também contra Floriano. Entre eles, altos oficiais militares, senadores, homens de negócios e jornalistas, que seriam detidos por ordem do Marechal de Ferro. Em 18 de abril Rui Barbosa entra no Supremo Tribunal Federal com pedido de habeas-corpus em favor dos presos - o primeiro sobre matéria política impetrado naquele órgão. A petição é negada e vários deles são deportados para o Alto Amazonas.

Militares e civis deportados para a Amazônia. José do Patrocínio é o terceiro da esquerda para a direita

Os ministros demissionários entregam suas pastas a Deodoro

Tentando a coesão de seu governo, em maio de 1890 Deodoro concede honras de general de brigada aos ministros civis		Os primeiros tempos da República foram pontuados por crises políticas e, cada vez mais, ficavam evidentes as incompatibilidades entre posturas arbitrárias de Deodoro e posições assumidas pelos ministros. O pedido de demissão coletiva do Ministério, em janeiro de 1891, teve como causa imediata concessões de crédito a amigos do presidente para a realização de obras públicas, sob protesto geral capitaneado por Rui. A saída dos grandes nomes que o cercavam representou enorme perda de prestígio e credibilidade para Deodoro, enfraquecendo o governo do Marechal.

Após deixar o governo, Rui Barbosa volta ao Congresso, agora como senador, eleito em setembro de 1890

Eleito indiretamente pelo Congresso em fevereiro de 1891, Deodoro manteria difícil convivência com a Câmara dos Deputados e Senado. Em novembro daquele ano, quando o Legislativo discutia projeto de lei restringindo os poderes presidenciais, Deodoro dissolve o Congresso e decreta estado de sítio na Capital Federal e Niterói. A crise se agrava e ele é forçado a renunciar. Em seu lugar, assume o vice-presidente Floriano Peixoto.

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