Uma das primeiras medidas do novo governo foi determinar o banimento da Família Real. Em mensagem expedida em 16 de novembro, D. Pedro II tinha 24 horas para deixar o país. Apático, o Imperador acatou a ordem e naquela mesma noite embarcava para Lisboa.

Vice-chefe do Governo Provisório até agosto de 1890, Rui Barbosa foi substituído por Floriano Peixoto

Após entendimentos com o Bispo D. Antonio de Macedo Costa, Rui Barbosa apresenta ao Conselho de Ministros seu projeto de separação Igreja-Estado, instituído a 7 de janeiro de 1890 por decreto assinado por Deodoro da Fonseca. A partir daí ficava estabelecida a plena liberdade de culto e a proibição às autoridades federais ou estaduais de intervir em matéria religiosa. O velho sonho defendido por Rui desde os tempos do Diário da Bahia tornava-se realidade.

Para operar a transição entre a monarquia e o novo regime, logo após a proclamação da República foi instaurado um Governo Provisório. Presidido por Deodoro, comprometia-se a manter a ordem pública, garantir a vida e a propriedade, respeitar a liberdade e direitos dos cidadãos, além de acatar os compromissos nacionais contratados, inclusive a dívida pública externa e interna. A vitaliciedade do Senado e do Conselho de Estado era abolida, ao mesmo tempo em que se dissolvia a Câmara dos Deputados. Homologado o Ministério Republicano, Rui Barbosa detém a pasta da Fazenda e a da Justiça - esta última interinamente, dias depois passada a Campos Sales. A Rui cabia também a vice-chefia do Governo Provisório.

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