Além da pequena armada de quatro navios comandada por João da Nova, que partira para a Índia em 1501, ainda antes do regresso dos navios de Cabral, o rei D. Manuel decidira que a quarta armada, que seguiria para a Índia em 1502, deveria ser ainda mais importante que a de 1500, para poder superar as adversidades que Cabral suportara em Calecut, onde não conseguiu estabelecer feitoria e enfrentou a animosidade dos muçulmanos.
D. Manuel decidiu então que, para combater o poder mercantil estabelecido pelos muçulmanos, deveria manter uma frota no oceano Índico que afetasse a atividade dos mercadores muçulmanos, impedindo-os de levar para o Mar Vermelho especiarias e outros produtos preciosos. Assim, depois de serem escolhidos vinte navios para compor a armada de 1502, o rei decidiu que cinco deles deveriam ficar na Ásia com tal missão.

Considerando que tais navios deveriam ter um comando próprio desde a sua partida de Lisboa, o rei decidiu entregá-lo a Vicente Sodré, tio de Vasco da Gama. Ao tomar tal decisão, ele atribuiu grandes poderes a esse fidalgo, fazendo com que o comando, na prática, acabasse por não depender de Pedro Álvares Cabral. Perante tal situação, o capitão-mor sentiu-se desautorizado no seu papel de chefe da armada, recusando-o. Para tal recusa também pode ter contribuído alguma animosidade para com Vicente. Seja como for, D. Manuel aceitou-a, talvez para afastar as pretensões de Cabral de ter o comando unificado em suas mãos. O fato é que o rei recorreu, então, à decisão de que o Almirante das Índias - Vasco da Gama - teria o direito de chefiar qualquer armada que fosse para a Índia, como se pode ver em documento escrito pelo rei em 2 de Outubro de 1501.

O fato de Cabral ter-se sentido ofendido com aquela separação de poderes foi justificada pelo cronista João de Barros, que alegou que Cabral era um "homem de muitos primores acerca de pontos de honra".