Após a voz de prisão, João Cândido e outros líderes da revolta foram levados para o Quartel Central do Exército. Ficaram incomunicáveis. O governo tinha decretado Estado de Sítio, e prisões eram feitas por todos os cantos. Parlamentares desconfiaram da manobra do Palácio do Catete, mas era tarde. João Cândido foi mandado para a prisão da Ilha das Cobras para viver o pior episódio de sua vida. No dia 24 de dezembro de 1910, noite de Natal, ele e mais 17 marinheiros foram trancafiados numa prisão subterrânea e lá quase todos encontraram a morte – só João Cândido e João Avelino Lira, marujo apelidado de Pau da Lira, sobreviveram.
Repressão em massa: após a Revolta da Chibata, marujos são conduzidos presos pelas ruas da então Capital Federal.
Em seu relato ao jornalista Edmar Morel, no livro A Revolta da Chibata, João Cândido descreveu os momentos de terror que viveu na noite de Natal. “A impressão era de que estávamos sendo cozinhados dentro de um caldeirão. Alguns, corroídos pela sede, bebiam a própria urina. Fazíamos as nossas necessidades num barril que, de tão cheio de detritos, rolou e inundou um canto da prisão. A pretexto de desinfetar o cubículo, jogaram água com bastante cal... o líquido, no fundo da masmorra, se evaporou, ficando a cal. A princípio, ficamos quietos para não provocar poeira. Pensamos resistir os seis dias de solitária com pão e água. Mas o calor, ao cair das 10 horas, era sufocante. Gritamos. As nossas súplicas foram abafadas pelo rufar dos tambores. Tentamos arrebentar a grade... Nuvens de cal se desprendiam do chão e invadiam os nossos pulmões, sufocando-nos. A escuridão, tremenda. A única luz era um candeeiro a querosene. Os gemidos foram diminuindo, até que caiu o silêncio dentro daquele inferno”.
A Ilha das Cobras foi também palco de torturas e assassinatos de marinheiros rebeldes O Correio da Manhã denunciou torturas e assassinatos de marinheiros na ilha.
Os oficiais de plantão na noite do massacre disseram ter ouvido barulhos estranhos vindos da solitária, mas nada podiam fazer. A chave da cela estava em poder do comandante Marques da Rocha, que pernoitava no Clube Naval, no Centro do Rio de Janeiro, no momento do desespero dos marinheiros. Quando a solitária foi aberta, no dia 27 de dezembro, segundo João Cândido, os corpos beiravam a podridão. Os cadáveres foram retirados, a cela foi lavada, desinfetada e os sobreviventes, João Cândido e o soldado naval João Avelino Lira, jogados novamente na prisão. A causa da morte dos dezesseis, segundo o laudo oficial, foi por “insolação”.